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Como testes genéticos moleculares são interpretados

Dados de testes genéticos moleculares necessitam de classificação.

Testes genéticos moleculares, como o sequenciamento de nova geração (NGS), envolvem a determinação do significado das alterações encontradas em uma sequência de DNA.

Em um sequenciamento de exoma completo, por exemplo, são detectadas cerca de 50 mil variantes genéticas. Portanto, o principal desafio na interpretação desses dados está em determinar qual é (são) aquela(s) responsável(s) pela hipótese diagnóstica que motivou a solicitação do exame.

Para começar, é necessário que sempre se tenha uma doença ou um grupo de doenças como hipótese diagnóstica para guiar o fluxo das análises e a interpretação clínica das variantes para posterior elaboração do laudo médico.

Para muitas variantes, as consequências clínicas da mudança na sequência do DNA já estão bem compreendidas e já foram caracterizadas e publicadas na literatura científica e/ou em bancos de dados genômicos; nesses casos, essas variantes podem ser classificadas definitivamente como patogênicas ou benignas.

Um exemplo de variante patogênica é a mutação F508del (deleção do aminoácido Fenilalanina na posição 508 do gene CFTR) que, quando em homozigose, causa fibrose cística.

No entanto, nem todas as variantes encontradas causam doenças e é responsabilidade do laboratório que realiza os testes, interpretar e classificar as variantes genéticas como causadoras de doenças (patogênicas) ou benignas.

Por isso é importante que o profissional de saúde encarregado de solicitar esse tipo de testes, entenda e acompanhe a rápida evolução da ciência e da arte no modo em que essas classificações são feitas.

Como o laboratório interpreta as variantes?

Para classificar as alterações é necessário agregar informações pertinentes. Essas informações podem ser extraídas de diversos bancos de dados ou sites.

Alguns exemplos de tipos de informações a serem levadas em consideração:

  • Presença na literatura

A variante já foi reportada associada à alguma doença?

  • Localização da alteração no DNA

A variante atinge um gene que codifica uma proteína importante?

  • Natureza da alteração e predição do possível dano da alteração (saiba mais sobre tipos de mutações aqui):

A variante altera a produção ou a função de uma proteína?

  • Frequência da alteração na população

A variante já foi identificada em pessoas saudáveis?

Para avaliar o significado clínico das variantes, são utilizados bancos de dados que descrevem variantes relatadas anteriormente, como o Human Gene Mutation Database (HGMD) e o ClinVar, bem como artigos científicos publicados de alto impacto (geralmente disponíveis no PubMed).

Também é considerada a frequência da variante em populações controle (indivíduos saudáveis) de fontes que incluem o dbSNP, o 1000 Genomes Project, o Exome Variant Server (EVS) e o Exome Aggregation Consortium (ExAC); e softwares (PolyPhen2, SIFT e MutationTaster) que fornecem predições in silico sobre o efeito de alterações. É importante observar, no entanto, que as ferramentas de predição in silico nem sempre são precisas e, portanto, apenas ajudam a fornecer evidências de suporte para priorizar variantes.

Atualmente, não existe um padrão definido para classificar variantes, mas iniciativas de vários grupos que trabalham para definir procedimentos-padrão para classificar e curar variantes.

As orientações mais utilizadas no momento foram propostas por especialistas do Colégio Americano de Genética Médica e Genômica (American College of Medical Genetics, ACMG), que elaboraram um conjunto de diretrizes que designam os parâmetros a serem adotados em todas as etapas do processamento de NGS.

Quais são as categorias de classificação?

A interpretação clínica das variantes genéticas é demorada e requer atenção rigorosa aos detalhes. As diretrizes do ACMG propõem que as alterações encontradas devem ser classificadas como:

Considerações clínicas

Novas informações sobre uma alteração genética podem ser extraídas a cada dia. Diversos estudos têm sido realizados e muitas fontes científicas têm disponibilizado gratuitamente classificadores de variantes online. Quanto mais informações sobre uma alteração se obtêm, com mais fidelidade se consegue classificá-la a fim de predizer sua consequência no organismo e associá-la a um quadro de doença ou, até mesmo, de saúde.

Portanto, a interpretação das variantes refletem o conhecimento científico disponível no momento da análise. Um resultado reportando variantes não associadas à hipótese diagnóstica hoje pode ser reavaliado, levando em conta novas informações científicas e/ou novos sinais e sintomas apresentados pelo paciente, e as mesmas variantes podem ser re-classificadas como patogênicas no futuro, ou vice-versa.

Referências:

[1] Richards, S. et al. (2015) Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: a joint consensus recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology. Genet. Med.17, 405–424.

[2] Deignan,J.L. et al. (2019) Points to consider in the reevaluation and reanalysis of genomic test results: a statement of the American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG). Genet. Med.21, 1267–1270.

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